İstanbul Medeniyet Üniversitesi Döner Sermaye İşletmesinin yönetim organı olan Üniversite Yönetim Kurulu, Döner Sermaye İşletmesinin yönetilmesine ilişkin yetkilerinin büyük bölümünü, mevzuatta belirlenen ilkeler çerçevesinde, Döner Sermaye Yürütme Kuruluna devretmiştir. Döner Sermaye İşletme Müdürlüğü, faaliyetlerini iki personelle devam ettirmektedir.